獸用B超系統軟件由兩大部分組成：應用程序和I/O接口驅動程序部分。前者實現儀器面板功能等，后者完成PCI適配卡的驅動以及通信功能。
獸用B超儀器面板由一個主面板和分布其上的控件以及幾個分面板組成。控件包括探頭切換、以及進入各分面板的操作按鍵；分面板有圖像分析處理、測量、患病動物病歷數據庫等幾項。其中，獸用B超圖像處理和分析采用小波分析、數學形態學、遺傳算法等理論和技術對回聲信息進行各種處理，功能多，算法靈活，效果比傳統方法好，提高了獸用B超系統的分辨率和其他性能；測量面板則除進行各種距離測量外，還有實時測量功能，即可以一邊掃查、一邊測量而不必凍結圖像。
患病動物病歷數據庫管理面板對檢測對象的特征和患病動物病歷進行記錄。這一切都是根據計算機數字圖像處理技術利用軟件實現儀器的功能，與傳統獸用B超機的DSC硬件電路實現的圖像處理功能相比，優點突出；因為傳統的獸用B超機圖像銳化功能一般只是硬件上的鉤邊電路實現，獸用B超圖像的軟件處理只是簡單的插值和行、場相關處理等，就是一些傳統的醫學影像工作站，它們是利用時窗傅立葉變換對超聲波回聲信號進行處理的，存在窗口傅立葉變換固有的局部性差的局限；而我們借助MATLAB軟件，對回聲信息進行小波分析，比如利用小波函數的變焦性和緊致性提供的描述信號局部化的能力，再結合數學形態學原理，進行獸用B超圖像復原處理，使圖像比較干凈，噪聲點少；提高了系統的分辨率。一般的獸用B超機橫向分辨率都在2mm以上，而我們做到了小于2mm。此外，我們還利用遺傳算法進行圖像分割，取得了較好的效果。儀器I/O接口驅動程序主要是完成插卡的檢測、識別和驅動以及與網絡的連接及通信功能。
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